Die Steuerung des CargoPower Systems ist in einem vom Motor separaten Gehäuse untergebracht.
Die Steuerung verfügt über CAN-Bus zur Kommunikation mit Akku und Display sowie weiterer Peripherie wie Drehgriff oder Drehmomentsensor. Das Fahrverhalten kann durch Programmierung über eine USB-Schnittstelle vom Nutzer individuell nach seinen Wünschen angepasst werden. Die elektrische Anfahrhilfe begünstigt zudem Stop-and-Go-Betrieb.
Optional ermöglicht die Steuerung Rekuperation, dazu sind zusätzlich Eingänge für Bremskontakte vorgesehen.
Im CargoTwinPower System sind zwei Steuerungen im Einsatz als Haupt- und Nebensystem.